阿里云携手深势科技，助力泓博医药加速药物研发
目前，深势科技利用阿里云的弹性高性能计算E-HPC集群，结合抢占式实例，以30%的成本实现海量资源的交付，云上弹性高性能计算自动运维的特性，降低了深势科技的运维成本，提升了集群管理效率；同时，深势科技Hermite®药物计算设计平台，...
什么是PolarDB MySQL标准版
采用最新一代阿里云高性能计算和存储基础设施，客户使用成本大幅下降。云原生的计算和存储分离架构，一写多读，灵活弹性，配置升降级和增加节点分钟级生效。多个计算节点共享存储，新增只读节点时只需支付计算节点费用，大大降低了扩容成本...
产品优势
相较于其他HPC集群，阿里云弹性高性能计算E-HPC产品具有灵活部署、弹性资源、数据安全、高可用性、结果可视等特点。弹性高性能计算E-HPC的优势 灵活部署 您可以在E-HPC控制台快速创建高性能计算集群。一键部署需要的高性能计算环境和应用...
入门概述
本文介绍E-HPC的使用流程，帮助您快速上手使用弹性高性能计算。下文以创建集群，在集群中安装GROMACS软件并运行水分子算例进行高性能计算为例，介绍弹性高性能计算的使用流程，帮助您快速上手使用弹性高性能计算。使用流程如下图所示。创建...
服务条款
请参见 弹性高性能计算（E-HPC）服务协议。
服务等级协议
请参见 弹性高性能计算服务等级协议。
附录一：运维服务产品清单
fc 云计算基础 弹性计算 弹性高性能计算 ehpc 云计算基础 弹性计算 GPU云服务器 ecsgpu 云计算基础 弹性计算 容器镜像服务 acr 云计算基础 弹性计算 弹性裸金属服务器 xdragon 云计算基础 弹性计算 超级计算集群 scc 云计算基础 弹性计算 ...
使用限制
产品功能 单个地域下，弹性高性能计算相关功能限制如下所示。限制项 配额值 提升配额方式 集群总数 3 提交工单。一个集群节点总数 500 提交工单。一次最多扩容的节点数 99 无 一个节点系统盘大小 500 GiB 提交工单。单个文件系统可以挂载...
使用高性能容器应用
通过高性能容器应用，您可以在E-HPC集群上通过高性能容器应用启动高性能计算作业，从而降低业务部署的复杂性。高性能容器应用在支持E-HPC全部原有能力（如弹性伸缩、性能监控等）的基础上，可为您提供更加高效和便捷的计算解决方案。本文...
管理用户
创建用户 打开弹性高性能计算控制台的 用户 页面。登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>用户。在 用户 页面，从 集群 列表中选择目标集群，然后单击 新增用户。在 新增用户 页面，...
查看和修改集群信息
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到需要查看的集群，单击 详情。在 集群详情 页面，查看集群信息。基本信息：集群标识相关的信息，包括集群ID、状态、地域、VPC ID...
超级计算集群概述
SCC与阿里云ECS、GPU云服务器等计算类产品一起，为 阿里云弹性高性能计算平台E-HPC 提供了极高性能的并行计算资源，实现真正的云上超算。机型对比 SCC与物理机、虚拟机的对比如下表所示。其中，Y表示支持，N表示不支持，N/A表示无数据。...
安装与卸载软件
使用E-HPC集群进行高性能计算时，需要根据业务需求安装相关业务软件。本文介绍如何安装和卸载软件。安装软件 您可以通过控制台直接安装E-HPC提供的常用软件，也可以在集群中手动安装其他软件。通过控制台安装 登录 弹性高性能计算控制台。...
查看集群性能
查看性能大盘 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业 与性能 管理>E-HPC优化器。在 性能大盘 页面，找到目标集群，查看集群的基本信息和节点热力图。如上图所示，热力图中每个方格表示一个...
MemVerge服务计算巢模式部署文档
测试计算节点服务是否正常启动 登录 阿里云弹性高性能计算控制台，单击 集群 页右上方的 远程连接。在弹出的 远程连接 弹框中，输入 集群用户名、登录密码 和 端口 信息后单击 SSH连接，进入命令行工具mvmcli。集群用户名为root，登录密码...
停止和启动集群
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，选择需要停止的集群，单击 更多>集群停机。在弹出的 集群停机 对话框，单击 确定。集群将进入 停止中 状态，最终变为 停止 状态。...
账单查询
查询时，筛选产品为 弹性高性能计算 可以查看E-HPC服务费的账单，您也可以筛选产品查询集群内资源的账单，例如如果想要查看集群节点资源费用，可以筛选产品为 云服务器 ECS。查询示例如下：说明 单击账单右上角的 定制列，可以选择您希望...
使用VNC远程可视化
弹性高性能计算提供VNC远程可视化功能，您可以通过控制台Web方式访问远程可视化图形界面。本文介绍如何连接可视化服务和停止可视化服务。前提条件 已安装VNC服务。开启方式如下：创建新的集群时，您可以在 软件配置 页开启VNC功能，系统将...
停止作业
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>作业。在 作业 页面，在 集群 列表中选择作业所在集群。单击 作业列表 页签，在作业状态栏选择 未完成。单击要停止的作业操作列...
创建用户
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>用户。在 用户 页面，在集群列表中选择目标集群，单击 新增用户。在 新增用户 页面，根据提示填写用户信息。参数 示例 描述 用户名 gmx...
应用场景
本文主要介绍弹性高性能计算集群的主要应用场景，您可以根据不同的应用场景配置不同的资源类型。气象预报 E-HPC结合数值模型计算分析气象数据与环境数据，可以预测天气、环境等气象信息。能源勘探 E-HPC可以帮助勘探行业进行勘探数据分析，...
释放集群
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，选择需要释放的集群，单击 更多>释放。在弹出的 删除集群 对话框，单击 确认。集群将进入 释放中 状态，释放完成后集群列表...
测试SCC集群性能
超级计算集群SCC具有无虚拟化损耗、高带宽低延迟网络的优点，可以保证高性能计算和人工智能、机器学习等应用的高度并行需求。本文为您介绍如何创建SCC集群，并测试SCC集群的相关性能。背景信息 超级计算集群SCC（Super Computing Cluster）...
自动伸缩最佳实践
本文以使用LAMMPS软件进行高性能计算介绍如何配置自动伸缩策略。背景信息 当您需要每天不定时提交作业，使用E-HPC集群几个小时进行大规模计算，然后释放节点，您可以针对不同的作业类型，配置不同的伸缩策略。配置伸缩策略后，系统可以根据...
管理队列
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>节点与队列。在 集群 列表中选择目标集群。在 节点类型 列表中选择计算节点。按照需要进行以下操作。创建新的队列 单击打开 队列 下拉列表，然后...
运行HPL、iPerf和FIO以测试集群性能
HPL通过对高性能计算集群采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试，评价高性能计算集群的浮点计算能力。iPerf：一个网络性能测试工具，支持设置协议、时间等相关参数，可以报告带宽、数据包丢失等。FIO：一个开源的I/O压力测试...
查看作业结果
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>作业。单击目标作业列表右侧 详情，可以查看作业详细信息。查看作业性能指标。在左侧导航栏，选择 作业 与性能 管理>E-HPC优化器...
服务包
服务包用于抵扣E-HPC服务费，如果您的...在 弹性高性能计算控制台 的 服务包 页面，找到目标服务包，单击 升级。在 变配 页面，根据需要选择要升级的规格或者购买时长。阅读并选中服务协议，然后单击 去支付。按页面提示完成后续支付操作。
更新ehpcutil版本
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 详情。在 集群详情 页面底部的 ehpcutil版本信息 区域，根据需要进行升级或者回退操作。如果当前...
修复集群
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，选择待修复集群，单击 更多>修复。在弹出的 集群修复 页面，重新指定待修复集群的 镜像类型、镜像、调度器 和 域账号服务。...
监控存储资源
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>共享存储。在 共享存储 页面，选择目标集群，单击 资源 监控 页签。在 资源监控 页签下，设置并查看存储资源的相关监控数据。配置项 说明 文件...
管理作业模板
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业 与性能 管理>作业。在 作业 页面，选择待创建作业模板的集群。单击页面左侧的 提交作业 页签。在 提交作业 区域，完成作业参数配置，单击 图标将当前...
监控作业
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>作业。在 作业 页面，选择目标集群，单击 作业监控 页签。设置筛选条件。支持设置的筛选条件如下：时间段：过滤某一时间段内的...
使用HPL测试集群浮点性能
HPL通过对高性能计算集群采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试，评价高性能计算集群的浮点计算能力。浮点计算峰值是指计算机每秒可以完成的浮点计算次数，包括理论浮点峰值和实测浮点峰值。理论浮点峰值是该计算机理论上每秒...
创建集群
计算节点：用于执行高性能计算作业的节点，其配置决定了E-HPC集群的总体性能。管控节点：用于进行作业调度和域账号管理的节点。登录节点：默认绑定弹性公网IP，您可远程登录该节点，通过命令行操作集群。展开高级配置，配置网络、存储等...
查看集群报表
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>报表。在顶部下拉列表中，选择目标集群。查看报表。查看集群节点数量。节点数量展示集群中节点数量的变化折线图，支持显示各队列...
创建带有插件的集群
使用控制台创建带有插件的集群 创建不同接入模式集群的操作如下：Image接入模式 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。根据自身业务场景进行设置，在...
使用LAMMPS软件进行工业仿真
vim lammps.pbs 作业脚本内容示例如下：说明 以下示例使用1个计算节点的32 vCPU，使用32个MPI任务进行高性能计算。请根据实际计算节点规格配置vCPU数，算力要求vCPU≥32。bin/sh#PBS-l select=1:ncpus=32:mpiprocs=32#PBS-j oe export ...
通过控制台提交作业
作业指提交到E-HPC集群进行高性能计算的基本工作单元，包括Shell脚本、可执行文件等，具体作业执行顺序根据您设置的队列以及调度器决定。E-HPC管理控制台提供了作业相关的提交作业、停止作业、查看作业状态等功能，本文介绍如何使用E-HPC...
使用AutoDock Vina软件进行药物筛选
本文以AutoDock Vina软件为例，介绍如何在E-HPC上进行高性能计算实现虚拟药物筛选。背景信息 分子对接（Molecular docking）是虚拟药物筛选中的关键环节。AutoDock Vina作为一款开源的分子对接软件，具有速度快、算法准确等优点，特别适用...
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