用于 DNA 测序的机器学习模型，理论上可以解码任何测序读数中所编码的数据值
大规模并行 DNA 测序导致生物学中高度多重实验的快速增长。这些实验产生独特的测序结果，需要特定的分析管道来解码高度结构化的读数。然而，尚未开发出解释测序读数以提取其编码信息用于下游生物分析的多功能框架。在这里，不列颠哥伦比亚大学和东京大学的研究人员报告了 INTERSTELLAR（int...
使用机器学习和Python揭开DNA测序神秘面纱（一）
简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组，但是它们的差异很大。例如，人类基因组被排列成23条染色体，这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符（单个DNA“碱基对”），每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约有60亿个字符。如果您认为...
使用机器学习和Python揭开DNA测序神秘面纱（二）
顺序编码DNA序列在这种方法中，我们需要将每个碱基编码为序数值。例如，“ ATGC”变为[0.25、0.5、0.75、1.0]。任何其他字符（例如“ N”）都可以为0。因此，让我们创建一些函数，例如从序列字符串创建NumPy数组对象，以及带有DNA序列字母“ a”，“ c”...
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