AutoDock Vina Ehpc服务实例部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 AliyunROSFullAccess 管理资源编排服务（ROS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 ...
监控作业
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>作业。在 作业 页面，选择目标集群，单击 作业监控 页签。设置筛选条件。支持设置的筛选条件如下：时间段：过滤某一时间段内的...
阿里云携手深势科技，助力泓博医药加速药物研发
目前，深势科技利用阿里云的弹性高性能计算E-HPC集群，结合抢占式实例，以30%的成本实现海量资源的交付，云上弹性高性能计算自动运维的特性，降低了深势科技的运维成本，提升了集群管理效率；同时，深势科技Hermite®药物计算设计平台，...
使用HPL测试集群浮点性能
HPL通过对高性能计算集群采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试，评价高性能计算集群的浮点计算能力。浮点计算峰值是指计算机每秒可以完成的浮点计算次数，包括理论浮点峰值和实测浮点峰值。理论浮点峰值是该计算机理论上每秒...
Gromacs Ehpc计算巢快速部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 AliyunNASFullAccess 管理文件存储（NAS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 ...
查看集群报表
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>报表。在顶部下拉列表中，选择目标集群。查看报表。查看集群节点数量。节点数量展示集群中节点数量的变化折线图，支持显示各队列...
镜像关联
背景信息 服务商需要根据服务的镜像规划，在模板中写入ECS实例、ECS实例组、ESS伸缩组或弹性高性能计算E-HPC的镜像ID属性。计算巢会从模板中解析出所有的镜像ID，服务商仅需将源镜像与所选的部署物关联，在创建服务实例时，会根据服务实例...
AutoDock Vina Ehpc计算巢部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 AliyunROSFullAccess 管理资源编排服务（ROS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 ...
创建集群
计算节点：用于执行高性能计算作业的节点，其配置决定了E-HPC集群的总体性能。管控节点：用于进行作业调度和域账号管理的节点。登录节点：默认绑定弹性公网IP，您可远程登录该节点，通过命令行操作集群。展开高级配置，配置网络、存储等...
创建混合云集群
您可以利用本地的HPC集群在阿里云扩容计算节点资源，统一调度云上资源和您的本地资源进行高性能计算。本文介绍如何通过E-HPC管理控制台创建混合云集群。前提条件 已创建专有网络VPC和交换机。具体操作，请参见 创建专有网络 和 创建交换机...
LAMMPS Ehpc服务实例部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 AliyunROSFullAccess 管理资源编排服务（ROS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 ...
创建带有插件的集群
使用控制台创建带有插件的集群 创建不同接入模式集群的操作如下：Image接入模式 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。根据自身业务场景进行设置，在...
AlphaFold2 Ehpc计算巢快速部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 AliyunNASFullAccess 管理文件存储（NAS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 ...
使用AutoDock Vina软件进行药物筛选
本文以AutoDock Vina软件为例，介绍如何在E-HPC上进行高性能计算实现虚拟药物筛选。背景信息 分子对接（Molecular docking）是虚拟药物筛选中的关键环节。AutoDock Vina作为一款开源的分子对接软件，具有速度快、算法准确等优点，特别适用...
登录集群
规则方向 授权策略 端口范围 优先级 授权对象 入方向 允许 SSH（22）1 0.0.0.0/0 通过控制台登录 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到要登录的集群，单击 远程连接。...
使用LAMMPS软件进行工业仿真
vim lammps.pbs 作业脚本内容示例如下：说明 以下示例使用1个计算节点的32 vCPU，使用32个MPI任务进行高性能计算。请根据实际计算节点规格配置vCPU数，算力要求vCPU≥32。bin/sh#PBS-l select=1:ncpus=32:mpiprocs=32#PBS-j oe export ...
弹性高性能计算E-HPC的审计事件
弹性高性能计算E-HPC已与操作审计服务集成，您可以在操作审计中查询用户操作弹性高性能计算产生的管控事件。操作审计支持将管控事件投递到日志服务SLS的LogStore或对象存储OSS的存储空间中，满足实时审计、问题回溯分析等需求。操作审计...
使用IMB软件和MPI通信库测试集群通信性能
MPI_DEBUG 5-np 2-ppn 1-host compute000,compute001/opt/intel-mpi-benchmarks/2019/IMB-MPI1 pingpong>IMB-pingpong#请根据实际调整参数 脚本示例使用2个计算节点，每个节点为8 vCPU，使用一个MPI任务进行高性能计算。实际测试中请根据...
通过控制台提交作业
作业指提交到E-HPC集群进行高性能计算的基本工作单元，包括Shell脚本、可执行文件等，具体作业执行顺序根据您设置的队列以及调度器决定。E-HPC管理控制台提供了作业相关的提交作业、停止作业、查看作业状态等功能，本文介绍如何使用E-HPC...
使用GROMACS进行分子动力学模拟
通过控制台 在 弹性高性能计算控制台 的左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 更多>VNC。使用VNC远程连接可视化服务。具体操作，请参见 连接可视化服务。在VNC窗口中，选择 Application>System Tools>Terminal。运行/...
MemVerge服务计算巢模式部署文档
权限策略名称 备注 AliyunNASFullAccess 管理文件存储服务（NAS）的权限 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 授予...
创建作业
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在 集群 页面，找到gromacs-test集群，单击 远程连接。在 远程连接 页面，输入gmx.test的用户名、密码和节点端口，单击 ssh连接。下载并解压算例。说明 本算例为模拟...
超级计算集群概述
SCC与阿里云ECS、GPU云服务器等计算类产品一起，为 阿里云弹性高性能计算平台E-HPC 提供了极高性能的并行计算资源，实现真正的云上超算。机型对比 SCC与物理机、虚拟机的对比如下表所示。其中，Y表示支持，N表示不支持，N/A表示无数据。...
通过钉钉机器人发送事件通知
E-HPC支持的事件信息请参见 弹性高性能计算E-HPC事件。在 配置事件目标 页面，参考参数说明完成配置，单击 创建。首次操作时，需完成服务授权，允许阿里云事件总线访问审计日志。参数说明如下：服务类型：选择 钉钉。地址：填入钉钉机器人...
产品规格
为更好地匹配E-HPC的高性能计算特点，下文推荐了几种规格，建议您根据应用场景选择使用。关于ECS实例规格的更多信息，请参见 实例规格族 和 选型最佳实践。弹性裸金属服务器和超级计算集群（SCC）实例 如下实例无虚拟化损耗，同时提供VPC...
管理共享存储
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>共享存储。在页面上方选择目标集群，然后单击 资源管理 页签。在 资源管理 页签下，单击 挂载存储资源。在弹出面板，完成参数配置，然后单击 ...
集群概述
集群指运行高性能计算的节点集合，可以提供单节点不能提供的强大计算能力，拥有高性能、弹性扩展、稳定可靠等优点。本文介绍集群涉及的基本概念和功能。节点 E-HPC集群中的每个节点是一台ECS实例。按节点功能分类，可以分为登录节点、管控...
使用OpenFOAM软件进行流体力学仿真计算
通过控制台 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 远程连接。在 远程连接 页面，输入集群用户名、登录密码和端口，单击 ssh连接。步骤二：运行算例 ...
计算资源优化
产品序列包含通用计算、异构计算、高性能计算三大类，支持包括各类垂直场景增强型实例，比如网络增强型、存储增强型、内存增强型、安全增强型、大数据型、高主频型、异构计算实例等，提供高性价比产品。对于特定的高性能场景，用户可以根据...
授权信息
本文为您介绍 弹性高性能计算（Ehpc）为RAM权限策略定义的操作（Action）、资源（Resource）和条件（Condition）。弹性高性能计算（Ehpc）的RAM代码（RamCode）为 ehpc，支持的授权粒度为 OPERATION。权限策略通用结构 权限策略支持JSON...
扩容混合云集群
普通扩容 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，选择需要扩容的混合云集群，单击 扩容。在 集群扩容 面板，单击 普通扩容 页签，配置扩容参数。配置项 说明 可用区 扩容...
已停售的GPU实例规格
网络：实例网络性能与计算规格对应（规格越高网络性能越强）适用场景：渲染、多媒体编解码 机器学习、高性能计算、高性能数据库 其他需要强大并行浮点计算能力的服务器端业务 ga1包括的实例规格及指标数据如下表所示。实例规格 vCPU 内存...
AI计算资源概述
资源类型介绍 云原生资源 灵骏智算资源 灵骏智算资源是PAI面向大规模深度学习及融合智算的算力资源，基于软硬件一体优化技术，构建高性能异构算力底座，具备高性能、高效率、高利用率等核心优势，满足高性能计算等领域需求。灵骏智算资源...
提交作业
作业是E-HPC集群进行高性能计算的基本工作单元，包括Shell脚本、可执行文件等。本文介绍如何使用E-HPC客户端提交作业。准备工作 提交作业前，您需要准备好作业文件，并上传到E-HPC集群中。E-HPC客户端支持以下两种方式上传作业文件：通过...
创建Serverless集群
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 集群。在 集群 页面右上角，将鼠标悬浮在 创建集群 右侧的 图标，单击 模板化创建。在 基本配置 区域，输入集群名称和登录密码。在模板区域上方，单击，...
客户端功能概述
作业操作员 负责提交作业到E-HPC集群进行高性能计算。E-HPC客户端主要面向作业操作员，支持作业提交、作业文件管理等功能。具体功能如下：功能模块 说明 作业查询 支持按多种条件查询作业数据，以便调整作业任务。作业提交 支持通过界面、...
手动扩容集群
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到需要扩容的集群，单击 扩容。在 集群扩容 面板，完成节点配置。扩容时，支持添加新建节点、已有节点或线下节点，请根据需要选择...
E-HPC普通服务角色
通过AliyunECSInstanceForEHPCRole，ECS实例可以获得云服务器ECS、弹性高性能计算E-HPC的访问权限。RAM用户使用普通服务角色需要的权限 如果使用RAM用户创建或删除普通服务角色，必须使用阿里云账号为该RAM用户授权。方式一：授予...
计费概述
该集群提供高性能计算资源，适用于对计算性能要求较高的应用场景 计算资源[1000LCU,500000LCU]存储容量[10GB,500GB]1000LCU，10GB 271.38 5.19 335.11 独享集群-存储型 您购买的集群资源独立部署，不与任何用户共用。该集群提供大规格存储...
基于RDMA增强型实例部署HPC应用
步骤一：准备HPC集群 使用弹性高性能计算创建HPC集群以及用户。登录 弹性高性能计算控制台。创建HPC集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。按向导顺序逐步完成硬件、软件、基本配置。本文示例配置如下表所示，完整配置项的说明，请参见...
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