AutoDock Vina Ehpc计算巢部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 AliyunROSFullAccess 管理资源编排服务（ROS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 ...
创建集群
计算节点：用于执行高性能计算作业的节点，其配置决定了E-HPC集群的总体性能。管控节点：用于进行作业调度和域账号管理的节点。登录节点：默认绑定弹性公网IP，您可远程登录该节点，通过命令行操作集群。展开高级配置，配置网络、存储等...
创建混合云集群
您可以利用本地的HPC集群在阿里云扩容计算节点资源，统一调度云上资源和您的本地资源进行高性能计算。本文介绍如何通过E-HPC管理控制台创建混合云集群。前提条件 已创建专有网络VPC和交换机。具体操作，请参见 创建专有网络 和 创建交换机...
LAMMPS Ehpc服务实例部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 AliyunROSFullAccess 管理资源编排服务（ROS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 ...
创建带有插件的集群
使用控制台创建带有插件的集群 创建不同接入模式集群的操作如下：Image接入模式 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。根据自身业务场景进行设置，在...
AlphaFold2 Ehpc计算巢快速部署文档
权限策略名称 备注 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务（ECS）的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算（EHPC）的权限 AliyunNASFullAccess 管理文件存储（NAS）的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络（VPC）的权限 ...
使用AutoDock Vina软件进行药物筛选
本文以AutoDock Vina软件为例，介绍如何在E-HPC上进行高性能计算实现虚拟药物筛选。背景信息 分子对接（Molecular docking）是虚拟药物筛选中的关键环节。AutoDock Vina作为一款开源的分子对接软件，具有速度快、算法准确等优点，特别适用...
登录集群
规则方向 授权策略 端口范围 优先级 授权对象 入方向 允许 SSH（22）1 0.0.0.0/0 通过控制台登录 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到要登录的集群，单击 远程连接。...
使用LAMMPS软件进行工业仿真
vim lammps.pbs 作业脚本内容示例如下：说明 以下示例使用1个计算节点的32 vCPU，使用32个MPI任务进行高性能计算。请根据实际计算节点规格配置vCPU数，算力要求vCPU≥32。bin/sh#PBS-l select=1:ncpus=32:mpiprocs=32#PBS-j oe export ...
弹性高性能计算E-HPC的审计事件
弹性高性能计算E-HPC已与操作审计服务集成，您可以在操作审计中查询用户操作弹性高性能计算产生的管控事件。操作审计支持将管控事件投递到日志服务SLS的LogStore或对象存储OSS的存储空间中，满足实时审计、问题回溯分析等需求。操作审计...
使用IMB软件和MPI通信库测试集群通信性能
MPI_DEBUG 5-np 2-ppn 1-host compute000,compute001/opt/intel-mpi-benchmarks/2019/IMB-MPI1 pingpong>IMB-pingpong#请根据实际调整参数 脚本示例使用2个计算节点，每个节点为8 vCPU，使用一个MPI任务进行高性能计算。实际测试中请根据...
使用GROMACS进行分子动力学模拟
通过控制台 在 弹性高性能计算控制台 的左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 更多>VNC。使用VNC远程连接可视化服务。具体操作，请参见 连接可视化服务。在VNC窗口中，选择 Application>System Tools>Terminal。运行/...
创建作业
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在 集群 页面，找到gromacs-test集群，单击 远程连接。在 远程连接 页面，输入gmx.test的用户名、密码和节点端口，单击 ssh连接。下载并解压算例。说明 本算例为模拟...
超级计算集群概述
SCC与阿里云ECS、GPU云服务器等计算类产品一起，为 阿里云弹性高性能计算平台E-HPC 提供了极高性能的并行计算资源，实现真正的云上超算。机型对比 SCC与物理机、虚拟机的对比如下表所示。其中，Y表示支持，N表示不支持，N/A表示无数据。...
通过钉钉机器人发送事件通知
E-HPC支持的事件信息请参见 弹性高性能计算E-HPC事件。在 配置事件目标 页面，参考参数说明完成配置，单击 创建。首次操作时，需完成服务授权，允许阿里云事件总线访问审计日志。参数说明如下：服务类型：选择 钉钉。地址：填入钉钉机器人...
产品规格
为更好地匹配E-HPC的高性能计算特点，下文推荐了几种规格，建议您根据应用场景选择使用。关于ECS实例规格的更多信息，请参见 实例规格族 和 选型最佳实践。弹性裸金属服务器和超级计算集群（SCC）实例 如下实例无虚拟化损耗，同时提供VPC...
高主频型
小规格实例网络带宽具备突发能力 实例网络性能与计算规格对应（规格越高网络性能越强）适用场景：高网络包收发场景，例如视频弹幕、电信业务转发等 高性能前端服务器集群 大型多人在线游戏（MMO）前端 数据分析、批量计算、视频编码 高性能...
管理共享存储
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>共享存储。在页面上方选择目标集群，然后单击 资源管理 页签。在 资源管理 页签下，单击 挂载存储资源。在弹出面板，完成参数配置，然后单击 ...
集群概述
集群指运行高性能计算的节点集合，可以提供单节点不能提供的强大计算能力，拥有高性能、弹性扩展、稳定可靠等优点。本文介绍集群涉及的基本概念和功能。节点 E-HPC集群中的每个节点是一台ECS实例。按节点功能分类，可以分为登录节点、管控...
PAI灵骏智算服务概述
PAI灵骏 是一种大规模高密度计算服务，全称“PAI灵骏智算服务”，提供高性能AI训练、高性能计算所需的异构计算算力服务。PAI灵骏 主要面向图形图像识别、自然语言处理、搜索广告推荐、通用大模型等大规模分布式的AI研发场景，适用于自动...
使用OpenFOAM软件进行流体力学仿真计算
通过控制台 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 远程连接。在 远程连接 页面，输入集群用户名、登录密码和端口，单击 ssh连接。步骤二：运行算例 ...
授权信息
本文为您介绍 弹性高性能计算（Ehpc）为RAM权限策略定义的操作（Action）、资源（Resource）和条件（Condition）。弹性高性能计算（Ehpc）的RAM代码（RamCode）为 ehpc，支持的授权粒度为 OPERATION。权限策略通用结构 权限策略支持JSON...
扩容混合云集群
普通扩容 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，选择需要扩容的混合云集群，单击 扩容。在 集群扩容 面板，单击 普通扩容 页签，配置扩容参数。配置项 说明 可用区 扩容...
已停售的GPU实例规格
网络：实例网络性能与计算规格对应（规格越高网络性能越强）适用场景：渲染、多媒体编解码 机器学习、高性能计算、高性能数据库 其他需要强大并行浮点计算能力的服务器端业务 ga1包括的实例规格及指标数据如下表所示。实例规格 vCPU 内存...
创建Serverless集群
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 集群。在 集群 页面右上角，将鼠标悬浮在 创建集群 右侧的 图标，单击 模板化创建。在 基本配置 区域，输入集群名称和登录密码。在模板区域上方，单击，...
手动扩容集群
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到需要扩容的集群，单击 扩容。在 集群扩容 面板，完成节点配置。扩容时，支持添加新建节点、已有节点或线下节点，请根据需要选择...
计费概述
该集群提供高性能计算资源，适用于对计算性能要求较高的应用场景 计算资源[1000LCU,500000LCU]存储容量[10GB,500GB]1000LCU，10GB 271.38 5.19 335.11 独享集群-存储型 您购买的集群资源独立部署，不与任何用户共用。该集群提供大规格存储...
什么是PolarDB MySQL标准版
采用最新一代阿里云高性能计算和存储基础设施，客户使用成本大幅下降。云原生的计算和存储分离架构，一写多读，灵活弹性，配置升降级和增加节点分钟级生效。多个计算节点共享存储，新增只读节点时只需支付计算节点费用，大大降低了扩容成本...
基于RDMA增强型实例部署HPC应用
步骤一：准备HPC集群 使用弹性高性能计算创建HPC集群以及用户。登录 弹性高性能计算控制台。创建HPC集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。按向导顺序逐步完成硬件、软件、基本配置。本文示例配置如下表所示，完整配置项的说明，请参见...
在Serverless集群中提交作业
创建Serverless集群后...在 弹性高性能计算控制台 的 作业 页面，选择目标集群后，单击 作业列表 页签。在该页面可以设置状态、时间段等条件查询作业信息。在 弹性容器实例控制台 的 容器组 页面，可以查看自动创建的用于运行作业的ECI实例。
设置调度器参数
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>调度器。在 集群 列表选择目标集群，在 调度器 列表选择调度器。设置调度器配置信息，然后在页面右上角，单击 提交。Slurm 如果是Slurm调度器，...
镜像使用说明
您可以快速开始使用GPU进行高性能计算。这些官方基础镜像已经预先配置好了相应的环境和依赖，可以直接使用，省去繁琐的安装和配置过程。您可以在构建业务逻辑时使用这些镜像，以此提高应用的性能和可靠性。以下是 函数计算 GPU提供的基础...
配置集群巡检
配置集群巡检 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 运维与监控>集群巡检。在集群列表中选择目标集群，然后单击 创建巡检。在弹出的对话框中，完成巡检配置。输入名称和描述。选择巡检执行方式...
使用Environment Modules管理软件包
module load：加载模块 module unload：卸载模块 module list：显示已经加载的模块 操作步骤 以下通过Environment Modules软件卸载openmpi/3.0.0，然后加载openmpi/3.0.1版本示例来介绍如何设置modulefile：登录 弹性高性能计算控制台。...
已停售的实例规格
存储增强型实例规格族g5se 通用型实例规格族sn2 RDMA增强型实例规格族c7re 计算型实例规格族sn1 高主频计算型实例规格族c4、ce4、cm4 FPGA计算型实例规格族F3 GPU虚拟化型实例规格族vgn6i GPU虚拟化型实例规格族vgn5i GPU计算型实例规格族...
使用向导创建集群
建议您通过弹性高性能计算管理控制台操作。步骤一：配置硬件信息 创建集群时，您必须配置集群的硬件信息。硬件决定了集群的性能，包括集群所处地域、集群部署方式、不同类型节点数量、网络类型、共享存储等。您可以根据您的业务需求选择...
创建以CPFS为共享存储的E-HPC集群
背景信息 CPFS（Cloud Paralleled File System）是一种高性能并行文件存储系统，专为AI训练和E-HPC等高性能计算场景打造，最大支持数十GB/s吞吐能力。CPFS的数据存储在集群中的多个数据节点，并可由多个客户端同时访问，从而能够为大型E-...
MemVerge Memory Machine部署使用实践
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。在 硬件配置 页，完成硬件配置，然后单击 下一步。配置硬件时，由于Memory Machine基于Intel Optane PMEM，...
常见问题
弹性高性能计算服务关联角色（AliyunServiceRoleForEHPC）是访问控制提供的一种服务关联角色，用于授权E-HPC访问关联云资源。通过AliyunServiceRoleForEHPC，E-HPC可以获得云服务器ECS、专有网络VPC、文件存储NAS等阿里云产品的访问权限。...
镜像使用说明
您可以快速开始使用GPU进行高性能计算。这些官方基础镜像已经预先配置好了相应的环境和依赖，可以直接使用，省去繁琐的安装和配置过程。您可以在构建业务逻辑时使用这些镜像，以此提高应用的性能和可靠性。以下是 函数计算 GPU提供的基础...
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