R语言笔记丨矩阵、数组介绍
今天笔记内容包含R语言中矩阵和数组基础知识。R语言矩阵创建矩阵矩阵内可以是数字、符号、数学式，类似于常见的二维数组，有m行（row）n列（col）的矩阵m×n。R 语言的矩阵可以使用 matrix() 函数来创建，语法格式如下：matrix(data = NA, nrow &#...
R语言_一个矩阵除以向量会发生什么
在用featureCounts做完表达矩阵的counts值后进行TPM需要注意这个细节问题，在计算TPM时每个基因需要除以各自的基因长度来校正基因长度，每一个样本又要除以它各自的文库大小校正测序深度。因此，我们的表达矩阵，其实是需要除以两个长度不一的向量，而且方向不一样，一个是按照行来除以（基因长度...
R语言利用转录组基因表达矩阵做基因共表达分析的学习资料推荐
参考资料链接https://github.com/cxli233/SimpleTidy_GeneCoEx/tree/v1.0.1提供完整的示例数据和代码，非常好的学习材料做基因共表达比较常用的是WGCNA那个R包，这个链接里提供的代码不是用WGCNA这个R包实现的，而是利用表达量数据计算不同基因之间...
《R语言编程艺术》——3.7 矩阵的行和列的命名问题
3.7 矩阵的行和列的命名问题 访问矩阵元素最直接的方法是通过行号和列号，但也可以使用行名与列名。例如： 如上例所示，这些名称可以用来访问指定的列。rownames()函数的功能与此类似。一般在编写R代码时，给行和列命名并不是那么重要，但在分析某些数据时会很有用。
《R语言编程艺术》——3.5 向量与矩阵的差异
3.5 向量与矩阵的差异 在本章开始的时候，我说过矩阵就是一个向量，只是多了两个属性：行数和列数。这里，我们再深入说明这个问题。考虑以下例子： 因为z是向量，因此我们可以求它的长度： 换句话说，从面向对象编程的角度说，矩阵类（matrix class）是实际存在的。如第1章所说，R的大部分类都是S3...
《R语言编程艺术》——3.4 增加或删除矩阵的行或列
3.4 增加或删除矩阵的行或列 严格来说，矩阵的长度和维度是固定的，因此不能增加或删除行或列。但是可以给矩阵重新赋值，这样可以得到和增加或删除一样的效果。3.4.1 改变矩阵的大小回忆之前通过重新赋值改变向量大小的方法： 第一个例子里，x原来长度为5，通过拼接和重新赋值，将其长度变为6。事实上我们没...
《R语言编程艺术》——3.3 对矩阵的行和列调用函数
3.3 对矩阵的行和列调用函数 *apply()函数系列是R中最受欢迎同时也是最常用的，该函数系列包括apply()、tapply()和lapply()。这里我们主要介绍apply()。apply()函数允许用户在矩阵的各行或各列上调用指定的函数。3.3.1 使用apply()函数以下是apply(...
《R语言编程艺术》——3.1 创建矩阵
3.1 创建矩阵 矩阵的行和列的下标都从1开始。例如矩阵a左上角的元素记作a[1, 1]。矩阵在R中是按列存储的，也就是说先存储第一列，再存储第二列，以此类推，如2.1.3小节所示。创建矩阵的方法之一就是使用matrix()函数： 这里把第一列（即1和2）与第二列（3和4）连接在一起。因此数据是（1...
《R语言编程艺术》——第3章 3.0 矩阵和数组
第3章 3.0 矩阵和数组 矩阵（matrix）是一种特殊的向量，包含两个附加的属性：行数和列数。所以矩阵也和向量一样，有模式的概念，例如数值型和字符型。（但反过来，向量却不能看作是只有一列或一行的矩阵。）数组（array）是R里更一般的对象，矩阵是数组的一个特殊情形。数组可以是多维的。例如一个三维...
《R语言编程艺术》——2.1 标量、向量、数组与矩阵
2.1 标量、向量、数组与矩阵 在许多编程语言中，向量与标量（即单个数值）不同。例如，考虑下面的C代码： 这段代码请求编译器给一个x的整型变量x分配空间，并给一个名为y的三元素整型数组（C语言中的术语，类似于R中的向量）分配内存空间。但在R中，数字实际上被当做一元向量，因为数据类型里没有标量。R语言...
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