R语言读取大型NetCDF文件
1 NetCDF数据简介 先给一段Wiki上关于NetCDF的定义。 NetCDF (Network Common Data Form) is a set of software libraries and self-describing, machine-independent data form...
R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列，快速得到引物序列
根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置，得到一个序列文本，用于设计引物。...
算法丨根据基因型VCF文件自动识别变异位点并生成序列fasta文件，基于R语言tidyverse
根据VCF文件生成序列fasta文件首先提出一个问题：假如有一个基因型VCF文件，里面包含了很多个样本在多个突变位点（snp和iad）的基因型数据，现在想根据这份原始数据，得到一个fasta序列文件，包含每个样品在这些位点的各自对应的序列信息，应该怎么做？解决思路与方法简...
SGAT丨基于R语言tidyverse的vcf转txt文件算法，SNP位点判断与自动校正，染色体格式替换
算法：vcf转txt并自动规范化引言vcf文件是存放基因变异信息的一种方式，本文提供一种算法，用于读取vcf文件并转换等位基因展示方法、替换染色体展示格式、以及自动识别非唯一变异并进行修改，用于对变异信息进行整理。主要步骤与设计思路读取VCF文件并分为三部分储存提取变异信息并批量替换修改染色体格式S...
R语言笔记丨数据储存文件的类型与介绍
今天笔记的主要内容是R语言里文件相关知识，包含CSV、Excel、XML、JSON、MySQL等。CSV文件基本介绍CSV（Comma-Separated Values，字符分隔值，分隔字符也可以不是逗号）是一种非常流行的表格存储文件格式，这种格式适合储存中型或小型数据规模的数据。CSV 本质是文本...
揭秘水文覆盖变化！使用 R 语言轻松处理 MODIS .nc 文件
一、引言在今天越来越严重的气候变化条件下，水文覆盖成为了越来越多研究者重视的话题。水文覆盖指的是地表或植被表面被水覆盖的面积，包括河流、洼地、湖泊、蓄水池等。它反应了一个地区的水资源分布、水域利用等情况，对于水资源管理和自然环境保护具有重要意义。GRACE水文数据包括地表水蓄积（SWS）、土壤水蓄积...
R语言-文件归档压缩方法
1、zip 压缩（推荐使用） zip 格式的优点是系统间的通用性好，能够 逐个压缩多个文件并归档 到一个文件中。zip 格式内提供了包内数据清单，不对 zip 文件解压缩也能高效浏览其中包含的文件条目。压缩率比 gz 略小，一般任务使用无压力，多见于win系统。 utils::zip(zipfile...
Linux 下基于R语言打开hdf5(.h5)文件异常的处理方法
Linux 平台使用无法通过R语言的 rhdf5::H5Fopen和 hdf5r::H5File$new打开H5格式文件，抛出异常“HDF5. File accessibility. Unable to open file.” 参考 https://github.com/GreenleafLab/A...
R语言-rhdf5解析hdf5文件(.h5)展示文件组织结构和数据索引实现
.h5 数据格式是一种基于层次结构设计用于存储和管理大型科学数据的文件格式，可以存储多种类型的数据，包括数值、图像、文本等。h5数据格式是由HDF Group开发的，是HDF5【层级数据存储格式(HierarchicalDataFormat 5)】的缩写。HDF5可以方便地存储和管理大型数据集，有效...
R语言读取CSV文件
#读取CSV文件 data <- read.csv("drugbank.csv", header = FALSE)
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