SGAT丨基于R语言tidyverse的vcf转txt文件算法,SNP位点判断与自动校正,染色体格式替换
算法:vcf转txt并自动规范化引言vcf文件是存放基因变异信息的一种方式,本文提供一种算法,用于读取vcf文件并转换等位基因展示方法、替换染色体展示格式、以及自动识别非唯一变异并进行修改,用于对变异信息进行整理。主要步骤与设计思路读取VCF文件并分为三部分储存提取变异信息并批量替换修改染色体格式S...
一种基于R语言tidyverse的算法:批量查找SNP位点连锁区内对应的QTL以及基因
批量查找QTL以及基因如果已知SNP位点的物理位置和其LDblock区间的端点,想要快速找到该区间内的QTL,之后根据参考基因组找到与连锁区域存在交集的基因,最终得到与SNP和QTL相匹配的基因集。通常的做法是在Excel中先对每个SNP计算出相应区间,然后找到对应的QTL,然后打开全部基因的参考信...
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