R语言中如何进行PCA分析？利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图（下）
PCA的实现流程使用上面创建的data_3数据来进行后续操作。首先生成表达矩阵，包含3个基因在200个样本中的表达情况。> kable(headTail(data_3),booktabs=T,caption = "Expression 3Gene in 200 samples") Table:...
R语言中如何进行PCA分析？利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图（上）
学习笔记的主要内容是在R语言中利用ggplot2进行PCA分析和绘图，包括简单分析与操作流程，对比不同方式得到的结果差异，提供脚本代码供练习（下载链接见文末）PCA分析的原理在处理基因差异表达数据时，有时候需要分析其中因素的影响最大，判断结果的关系，这个时候可以用PCA分析法ÿ...
使用R语言绘制富集条形图，轻松分析基因表达数据
一、引言富集分析（enrichment analysis）是一种生物信息学方法，它可以帮助我们识别基因或其他的生物实体在某个特定的类别中过度表示的趋势。通俗来说，富集分析通过将基因分类到特定的集合中，然后根据基因在集合中的分布和总体分布的比较，来寻找哪些集合与特定的生物过程、疾病或其他功能相关联。其...
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